在電泳時，溫度不均勻會帶來一系列復雜后果。局部溫度過高會使緩沖液黏度降低，離子遷移速度加快，導致條帶變形、分辨率下降。比如在蛋白質電泳中，高溫可能引起蛋白質變性，改變其原有結構和電荷分布，使條帶出現拖尾或彌散現象。而且不同區域溫度差異會造成電場分布不均，影響分子的正常泳動軌跡。

 此外，溫度不均勻還可能引發對流，擾亂分子的有序遷移，使得結果難以準確分析。為避免這些問題，常需使用冷卻裝置來維持電泳過程中溫度的穩定。