影響電泳分離效果的因素主要涵蓋以下幾方面：

 1.電場強度：電場強度加大，帶電粒子遷移速度越快，但過高的電場強度可能引發發熱、產生對流等狀況，對分離效果造成不良影響。例如，在強電場中，小分子物質可能遷移過快，導致分離不夠清晰。

 2.緩沖液的pH值：它會影響粒子的帶電特性和電荷量。不同的蛋白質等分子在不同pH 值下帶電狀態不同。比如，某些蛋白質在特定pH值時帶電量增加，遷移速度改變，可能無法與其他物質全部分離。

 3.緩沖液的離子強度：離子強度低，電泳速度快，但緩沖能力不佳；離子強度高，電泳速度慢，不過緩沖能力良好。若離子強度不合適，可能使得電流不穩定，從而影響分離。

 4.溫度：溫度升高，分子運動加快，遷移速度提高，但也可能使緩沖液黏度降低，影響緩沖效果。例如，高溫也許使樣品變性，影響分離的準確性。

 5.支持介質：像濾紙、凝膠等的孔徑大小和均勻程度等都會影響分子的遷移與分離效果。孔徑過小可能阻礙大分子的遷移，孔徑過大則分離效果差強不佳。

 6.樣品的性質：包含樣品的濃度、分子大小、形狀以及電荷分布等。濃度過高可能導致條帶重疊，分子形狀不規則同樣會影響遷移速度。